Sollte Checkdisk bei jedem Systemstart ausgeführt werden, hier ein kleiner Workaround.

In der Eingabeaufforderung folgenden Befehl absetzen, um festzustellen ob die Partition C: als fehlerhaft gekennzeichnet ist (Einmal für alle vorhandenen Partitionen durchführen).
fsutil dirty query c:

Als nächstes mit folgendem Befehl, einen kompletten Checkdisk Scan über die fehlerhaften Partitionen machen(im Beispiel Partition C:).
chkdsk c: /f /r

Der komplett Scan kann einige Zeit in Anspruch nehmen und erfordert unter Umständen einen Neustart.

Wenn die Partionen in Ordnung sind und Checkdisk trotz allem bei jedem Systemstart gestartet wird, ist der Checkdisk Marker für die jeweilige Partition gesetzt. Diesen kann man entweder für eine oder mehrere Partitionen deaktiviern:
chkntfs /x c: oder chkntfs /x c: d:

Danach das System neustarten und die Checkdisk Überprüfung wieder aktivieren. Der Marker wurde zurück gesetzt.
chkntfs /d